Maltepe Üniversitesi bünyesinde eğitim veren 9 Fakülte (Eğitim Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, Hukuk Fakültesi, İletişim Fakültesi, İnsan ve Toplum Bilimleri Fakültesi, İşletme ve Yönetim Bilimleri Fakültesi, Mimarlık ve Tasarım Fakültesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi ve Tıp Fakültesi), 3 Yüksekokul (Hemşirelik Yüksekokulu, Sağlık Bilimleri Yüksekokulu, Yabancı Diller Yüksekokulu), 1 Meslek Yüksekokulu ve 1 Konservatuvar ve Lisansüstü Eğitim Enstitüsü bulunmaktadır.
Maltepe Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü kapsamında da, tezli ve tezsiz olmak üzere toplam 72 Yüksek Lisans Programı, 12 Doktora Programı, 1 Sanatta Yeterlik Programı yer almaktadır.
Eğitim Fakültesinde doğrudan doğruya, öğretmen yetiştiren programlar (İlköğretim Matematik Öğretmenliği, İngilizce Öğretmenliği, Okul Öncesi Öğretmenliği, Özel Eğitim Öğretmenliği Rehberlik ve Psikolojik Danışmanlık TR- EN) bulunmaktadır.
Lisansüstü Eğitim Enstitüsünde ise Eğitim Fakültesi öğretim üyelerinin eğitici-öğretici ve araştırıcı danışman olarak yer aldığı tezli ve tezsiz yüksek lisans programlar (Eğitim Bilimleri Anabilim Dalı: Eğitim Yönetimi ve Denetimi Tezli-Tezsiz Yüksek Lisans Programı, Eğitim Yönetimi ve Denetimi Tezli ve ayrıca IB Liderlik Sertifikalı Tezli Yüksek Lisans Programı, Rehberlik ve Psikolojik Danışmanlık Tezli-Tezsiz Yüksek Lisans Programı; Okul Öncesi Eğitimi Anabilim Dalı: Okul Öncesi Eğitimi Tezli-Tezsiz Yüksek Lisans Programı; Yabancı Diller Eğitimi Anabilim Dalı: İngiliz Dili Eğitimi Tezli Yüksek Lisans Programı) mevcuttur.
Ayrıca, Maltepe Üniversitesi Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi özellikle Eğitim Fakültesince desteklenmektedir. Eğitim-öğretimin bir üniversitenin ana işlevi olduğunu bilen bir üniversite olarak Maltepe Üniversitesi 24 yıllık tarihinde baştan beri Rektörlüğe doğrudan bağlı, eğitim-öğretimden sorumlu Rektör Yardımcısının başkanlığında kurduğu Eğitim Komisyonunda her zaman Eğitim Fakültesine ağırlıklı olarak yer vermekte; bu tür çalışmaların hepsi Maltepe Üniversitesi Kalite Koordinatörlüğü ile de işbirliği içinde, üniversitenin (universitas) adına yaraşır bir biçimde “bütünlük” anlayışı çerçevesinde yürütülmektedir.
Üniversitenin bütünlük anlayışı içinde yürüttüğü çalışmalar hem araştırma çerçevesinde hem de öğretmenlere yönelik akademik ve hizmetiçi çalışmalar (İstanbul İl Milli Eğitim Müdürlüğüyle iki yıldır sürdürülen ve en son olarak da 28.08.2020 tarihinde yenilenen akademik işbirliği protokolü çerçevesinde öğretmenlere verilen lisansüstü eğitimi), Veli Akademilerine destek çalışmaları, İstanbul İli Anadolu Yakasındaki 6 BİLSEM’e verilen akademik destek, 2023 Eğitim Vizyonu Belgesi kapsamında oluşturulan Tasarım Beceri Atölyelerine (toplam 3 okul) verilen destekler, Maltepe Üniversitesinin eğitim-öğretim kapsamında yaptığı çalışmaların en somut kanıtlarıdır; Üniversitemiz tam bir işbirliği anlayışı içinde tüm öğretim elemanlarıyla ve yöneticileriyle, çalışmalara destek vermektedir.
Özetle Maltepe Üniversitesi bir üniversitenin yerine getirmesi gereken temel işlevleri (eğitim-öğretim, araştırma, topluma hizmet) yıllardan beri iç ve dış paydaşlarıyla işbirliği içinde yürütmektedir.
Maltepe Üniversitesi öğrencilerine, öğretim elemanlarına ve dış paydaşlara yönelik yürüttüğü destek hizmetleri ile öğretimin iyileştirilmesine yönelik önemli adımlar atmış ve değerli katkılar üretmiştir. Rektörlük tarafından yürütülen bu çalışmaların, merkez olarak yeniden yapılandırılması için Yükseköğretim Kurulu'na gerekli başvurular yapılmış ve Yürütme Kurulu'nun 25 Kasım 2020 tarihli toplantısında merkezin kurulması uygun bulunmuştur.