Sosyal Bilimler Enstitüsü
Prof. Dr. Ertan OKTAY (2000-2007)
Prof. Dr. Betül ÇOTUKSÖKEN (2007-2010)
Prof. Dr. Bahattin AKŞİT (2010-2016)
Doç. Dr. Ahu TUNÇEL ÖNKAL (2016- 2020 )
Fen Bilimleri Enstitüsü
Prof. Dr. İlhami YAVUZ (2005-2008)
Prof. Dr. Emin Murat ESİN (2008-2009)
Prof. Dr. Selahattin GÜLTEKİN (2010)
Prof. Dr. İlhami YAVUZ (2010-2016)
Doç. Dr. Ebru MENŞUR ALKOY (2016-2017)
Prof. Dr. İlter BÜYÜKDIĞAN (2017-2020)
Sağlık Bilimleri Enstitüsü
Prof. Dr. Erdal ARISAN (2007-2010)
Prof. Dr. Güler ÖZTÜRK (2010-2013)
Prof. Dr. Zafer ÖZTEK (2013-2017)
Prof. Dr. Zeliha ÖZER (2017-2020)
08/01/2020 tarihli ve 31002 sayılı Resmî Gazete'de yayımlandığı üzere Üniversitemizin Fen Bilimleri, Sağlık Bilimleri ve Sosyal Bilimler Enstitüsü kapatılarak "Maltepe Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü" kurulmuştur.
Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
Doç. Dr. Ahu TUNÇEL (Haziran 2020-Ekim2020)
Prof. Dr. Selva ERSÖZ KARAKULAKOĞLU (Ekim 2020- Halen)