KURS 2: Beyin MR T1 Görüntülerde volBrain Kullanılarak Talamus Çekirdekleri, Serebellum Lobülleri ve Hipokampüs Kısımlarının Segmentasyonu Yapılarak Hacimlerinin Elde Edilmesi ve ITKSnap ile Üç Boyutlu Modelleme
Tarih: 5 Haziran 2026
|
Saat |
Oturum |
|
13:00 – 13:50 |
Katılımcılara VolBrain tanıtımı ve VolBrain’e kayıt işlemleri |
|
13:50 – 14:50 |
T1 dosyalarının VolBrain’e yüklenmesi ve sonuçların elde edilmesi |
|
14:50 – 15:20 |
Ara |
|
15:20 – 17:00 |
Uygulama |
Genel Bilgiler
MR T1 görüntüleme klinikte rutin olarak yapılmaktadır. Bu çekimlerin bazıları ise volumetrik olup değişik sekanslarda yapılmaktadır. Bilindiği üzere beyin içerisinde hipokampüs hafızayla ilgili, serebellum ise dengeyle ilgili önemli yapılardır. Hipokampüsde olan hacimsel değişiklikler ise başta Alzheimer ve demansta, serebellum ataksilerde, talamus ise şizofrenide, tremorda oldukça önem arz etmektedir. Günümüzde farklı yazılımlar kullanılarak hipokampüs, serebellum ve talamus hacimleri ölçülmektedir. Bu yazılımların bazıları otomatik bazıları ise yarı otomatiktir. Bu kursta otomatik olarak kullanılan ve bilimsel geçerliliği tüm dünyada kabul görmüş volBrain/HIPS, CERES ve DeepNuclei kullanılarak hipokampüs kısımları, talamus çekirdekleri, serebullum lobülleri parselasyon haritaları elde edilecektir. Volbrain web adresine (https://www.volbrain.net/ ) girilerek önce kayıt oluşturulacaktır. volBrain, MR T1 görüntülerinin yüklendiği ve sonuçların birkaç dakika sonra elde edildiği ücretsiz bir bulut sistemidir. Burdan indirilen sonuçlar ITKSnap ile üç boyutlu görüntülenecek ve kayıt edilecektir. Aynı zamanda burdan STL formatında kayıt edilen üç boyutlu STL formatındaki dosyalar direk üç boyutlu yazıcılardan da çıktı alınabilmektedir. Kursa katılan katılımcılar volbrain sistemi ile dosyalarını yükleyecek, hacim sonuçlarını elde edecek ve ITKSnap ile de üç boyutlu görüntüleyebileceklerdir.
Konu ile ilgili bu sistem kullanılarak beyinle ilgili tüm hastalıklarda hipokampüs kısımları, srebellum löbüllerinin ve talamus çekirdeklerinin hacimlerinin değişip değişmediğini göstermek için tez, yayın ve proje yapılabilir.
Kullanılanacak programlar
1. ITKSnap http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php?n=Downloads.SNAP4
2. Mricon https://www.nitrc.org/projects/mricron/
3. mricroGL
Kurs Eğitmenleri
Doç. Dr. Sefa Işıklar
Dr. Öğr. Üyesi Özgür Palancı